La personalidad de Kabuto es difícil de discernir, ya que es un hombre sádico, pero amable, y con humor ácido. Tiene un carácter cambiante, lo que lo hace muy adaptable, aunque en general es una persona introvertida y solitaria. Le gusta "jugar" con la mente y particularmente con las emociones de sus enemigos, señalando sus debilidades, a fin de manipularlos para cumplir sus objetivos. Al parecer procura mantener un comportamiento diplomático, como se evidencia por su frecuentes amonestaciones a Sasuke por no tratar a Orochimaru con respeto. Orochimaru también parece desconcertarse por los pensamientos de Kabuto, como ocurre cuando se le ordena a Kabuto secuestrar a Sasuke, preguntándose si Kabuto lo mataría en cambio; o cuando suponía que Kabuto aprovecharía la ocasión oportuna para poner fin a sus planes. A pesar de ello, Orochimaru tiene gran confianza en la lealtad de Kabuto, y a menudo se ríe de la posibilidad de que Kabuto lo fuera a traicionar.
Si bien obedece las órdenes de Orochimaru, incluso yendo tan lejos como para salvar su vida, a veces ayuda a los enemigos de Orochimaru, si ello conlleva un beneficio para él o para su amo, por ejemplo, cuando cura a Sakura y Hinata en diferentes ocasiones (con Sakura, dice que Akatsuki es el verdadero enemigo). Orochimaru después dice algo similar, señalando que la muerte de más miembros de Akatsuki significa menos enemigos para él. Usualmente es amable con Naruto, con quien Kabuto tiene una fijación particular, a pesar de ser enemigos y que Naruto no oculte su desprecio por él.
Kabuto ha dicho que no le gusta forzar a la gente a hacer cosas contra su voluntad y, en cambio, los manipula psicológicamente actuando cordialmente con ellos. Él planeaba enviar a Kimimaro enfermo para recuperar a Sasuke y, a pesar de estar muy enfermo, Kimimaro acepta tras escuchar que Orochimaru está sufriendo. Por situaciones como esta Orochimaru ha dicho que Kabuto tiene una personalidad desagradable.
KabutoKabuto vs itachi y sasuke
La "Retorcida" personalidad de Orochimaru presente en Kabuto. procuraba obedecer a Orochimaru en sus designios. Sin embargo, desde la fusión de los restos en su cuerpo, Kabuto ha demostrado una mayor ambición de superar a su maestro, incluso recientemente se ha interesado en promover y ampliar sus conocimientos de jutsus, objetivo de su antiguo maestro y ello motivaría insistir en apoderarse de Sasuke. También mostró interés por la experimentación en Yamato y Zetsu. Además declaro que uno de sus objetivos es descubrir los secretos del Sabio de los Seis Caminos. Aún no es claro si su personalidad ha cambiado por la intervención de Orochimaru a través de las células insertadas, pero sí se sabe que a veces actúa como él.
A sí mismo, si bien prometió una alianza con Tobi y Akatsuki, así como el ofrecimiento de resucitar a un ejército de poderosos ninjas, Kabuto había facilitado previamente a Naruto un libro que contiene toda la información sobre Akatsuki, así como dejó un rastro de cadáveres para permitir que Anko Mitarashi y su escuadrón encontraran la base de Akatsuki. Todas estas acciones demuestran que Kabuto tiene una agenda propia, lo que no descarta una eventual traición a Tobi.
Kabuto transfiriendose ADN
Kabuto transfiriéndose el ADN de Orochimaru en la búsqueda de su "Identidad"
Kabuto, a pesar de su personalidad más bien fría en el comienzo de la serie, se ha demostrado que posee internamente conflictos consigo mismo, principalmente inseguridades acerca de su identidad durante la mayor parte de su vida. Según él, hasta que Orochimaru fue sellado él era bastante inseguro de su identidad. Él mismo declaró que ahora haría lo que él quería hacer lo que él no sentía ninguna lealtad a las personas o incluso a los del pueblo que lo crió, que detestaba el hecho de que él había sido educado por el enemigo de su pueblo, afirma que no sabe quién era en realidad o lo que él quería hacer hasta que pensó en cómo Naruto como su solución. En general, Kabuto se compara a sí mismo con Itachi Uchiha, ya que ambos sirvieron a Konoha desde las oscuras sombras, pero fueron rechazados por el pueblo a cambio, y afirma que debido a esto, entiende a Sasuke más que nadie. En su deseo de encontrarse a sí mismo, Kabuto esta convencido que la única forma en que lo logrará es poseer un poco de todo y la información que conlleva, lo que lo llevo a implantarse ADN de varias personas, así también desea el ADN Uchiha.
