La participación de Winry es similar a la del anime, con algunas diferencias.En el manga Winry es más importante que en el anime.
En el manga Winry se convierte en la aprendiz de Garfiel, un mecánico de automail en Rush Valley. Sus padres, ambos doctores, mueren, cuando era todavía una niña, a manos de Scar durante la guerra de Ishbal (después de que el padre de los hermanos Elric se fuera, pero antes que su madre muriera). Suele viajar con frecuencia con los Elric y más tarde se da cuenta que se enamoró de Ed hacía mucho tiempo.
Dado que es importante para los hermanos Elric, Winry se convierte en una rehén de los militares para ganarse la obediencia de Ed. Para escaparse de los militares, ella decide viajar con Scar y los demás. En el capítulo 73 se revela que fue su plan convertirse en la rehén de Scar para escapar aunque aún no lo ha perdonado por la muerte de sus padres. En el capítulo 81 llega a Lior junto con Alphonse y los otros. Rose la invita a su casa y hablan de su relación con Ed; también se la ve preocupándose por la seguridad de él en este capítulo. En el capítulo 84, Winry regresa a Rizenbul en un tren militar dentro de un tanque de agua. Se sorprende de ver a Ed en su habitación mientras se cambiaba de ropa; ambos gritan (ella sorprendida y él avergonzado), lo cual causa que sus acompañantes creyeran que ambos estaban en peligro. Un poco más tarde, le informa a Ed donde está Al y lo que había sucedido en Lior, a cambio ella se entera que Ling se convirtió en Greed y por qué se estaban escondiendo en su casa. Ed le dice que abandonde el país, pero ella se niega, queriéndolo ayudar en lo que pueda. Más tarde, Ed se va a central y ella se queda en Rizenbul
Aunque por unos breves momentos es víctima del círculo de transmutación de Father, ella regresa a la vida al igual que el resto de Amestris. Cuando Ed y Al regresan a Rizenbul, llora de felicidad al encontrar al menor de los hermanos Elric con su cuerpo original y al mayor con su brazo de regreso. Aun así, sigue siendo la mecánica de Edward, puesto que éste no recupero su pierna. En una estación de tren antes de partir, Edward le confiesa sus sentimientos, diciendo, haciendo referencia a la ley de equivalencia de intercambio, "Te daré la mitad de mi vida, si a cambio tú me das la mitad de la tuya". Winry le dice que es un idiota alquimista y que no le importa que solo quiera la mitad puesto que le dará su vida entera, esto hace que ella se sonroje y , él comienza a reírse, finalmente se abrazan y éste le agradece el haber hecho que se vaya feliz.
En el final se puede ver una foto de Winry y Edward, felices y cargando a dos niños, en la mano de Edward se puede ver claramente una alianza lo que indica que se casaron.
