Cuando era sólo un niño estaba en la Academia Ninja, su compañera de clase Kushina Uzumaki pensaba que él era sólo un "Flacucho medio afeminado". Él soñaba con ser reconocido por los aldeanos de Konoha al convertirse en hokage, pero Kushina consideraba que era un sueño imposible. Más tarde, cuando Kushina fue secuestrada por un grupo de ninjas de Kumogakure, ella dejó hilos de su cabello con la esperanza de que alguien la encontrara, Minato fue el único ninja de Konoha en demostrar ser lo suficientemente listo para entender la pista y fue capaz de rescatarla. Minato le dijo que él siempre había admirado su cabello. En ese momento, ella ya no lo veía como un "Flacucho medio afeminado", se había enamorado de él.
Equipo Jiraiya
El Equipo Jiraiya.
Según quienes lo conocían, Minato era un ninja con mucho talento, al haber sido considerado un genio que aparece solo una vez por generación. Se graduó en la Academia Ninja a la edad de diez años y fue introducido en un equipo de Genin bajo la tutela de Jiraiya. Este tuvo un interés especial en Minato y lo aceptó como aprendiz, le enseñó la técnica de Invocación. En algún momento, Jiraiya le contó a Minato la profecía del Gran Sapo Sabio, creyendo que Minato podría ser el Niño de la Profecía.
Equipo Minato
El Equipo Minato en la Tercera Guerra.
En años posteriores, Minato fue puesto a cargo de un equipo Genin formado por Kakashi Hatake, Rin y Obito Uchiha. Durante la Tercera Guerra Mundial Shinobi, Minato llevó a su equipo en una misión en Kusagakure. Debido a que Kakashi recientemente fue promovido a Jonin, Minato le dio el liderazgo de la misión a Kakashi mientras él iba a ayudar a las fuerzas de Konoha. Antes de irse, le dio a Kakashi un kunai especial como regalo de felicitación, equipado con el sello utilizado para su Jutsu Volador del Dios Trueno.
Mientras ayudaba a sus compañeros ninja de Konoha, usó el Jutsu Volador del Dios Trueno para destruir toda la oposición de Iwagakure en un instante. Volvió a tiempo para salvar a Kakashi y Rin de otro grupo de enemigos, pero no pudo salvar a Obito, quien, después de haber sido herido de muerte, dio su Sharingan a Kakashi. Cuando Kakashi se recuperó de la dura prueba, Minato les ayudó a completar la tarea de destruir el puente Kannabi.
Minato ataca A
Minato ataca a A
En algún momento de la historia Minato tiene una batalla con A acompañado de B. En lo que fue aparentemente el primer encuentro, Minato, un Inuzuka, un Akimichi y un cuarto miembro, se enfrentó a A y su equipo. Allí, Minato y A tuvieron un choque de velocidad, Minato casi hiriere gravemente al futuro Raikage antes de que B interceptara el ataque. Al recibir la señal de Konoha de retirada por el momento, Minato se quedó a alabar la valentía de B y le dijo a A que tenía una buena familia y seguidores que lo rodean por lo que hizo, y también ofreció un consejo, el de asegurarse de que su hermano sabía quién era antes de convertirse ni en humano ni en Jinchūriki. Minato declaró entonces que la próxima vez que se encontraran, el estaría con el título de "Kage" en el momento. Sin la intención de permitir que su enemigo escapara tan fácilmente, A intentó atacar a Minato antes de irse creyendo que Minato se teletransportaría a uno de sus kunai especiales, A se sorprendió al ver que el ninja de Konoha apareció detrás de su hermano antes de darse cuenta de que Minato le había marcado antes. Impresionado por el hecho de que B había reaccionado lo suficientemente rápido como para tirar de una de sus espadas en él, Minato alabó a B por sus habilidades.
Padres de Naruto
Minato y Kushina
Habiendo terminado la guerra más o menos por ese tiempo, su esposa Kushina quedó embarazada. Después de leer el libro de Jiraiya, donde el personaje principal se llamaba Naruto, Minato, dijo que el protagonista era igual que Jiraiya. Fue entonces cuando Minato reveló que él y Kushina querían que su hijo fuera un shinobi como el del libro, y por eso decidieron ponerle el nombre de "Naruto". Minato señaló que Jiraiya seria el padrino de Naruto y este le preguntó si estaba seguro de que querría eso. Minato dijo que Jiraiya era un buen ejemplo para todos ellos y que no podía pensar en un shinobi mejor que él.
El día en que Naruto iba a nacer el Tercer Hokage preparó un lugar secreto fuera de la aldea para que se hiciera allí el parto. En el parto el sello que mantenía al Kyubi dentro de Kushina se debilitaría así que él estaría allí para evitar que el zorro escapase. Durante el parto le pregunta a Biwako si Kushina se encuentra bien ya que nunca había sentido tanto dolor y esta le dice que no entre en pánico, esa es la razón por la que una mujer tiene hijos, los hombres no pueden manejar el dolor.
Minato contra Kurama
Minato se enfrenta a Kurama.
Inmediatamente después del parto Obito entra al cuarto matando a Biwako y a Taji. Captura a Naruto, lo tira al aire y cuando está a punto de clavarle un kunai Minato rápidamente lo salva, pero se da cuenta que la sabana que cubría a Naruto está llena de sellos explosivos así que la tira, escapa usando su técnica de tele-transportación y lleva a Naruto a un lugar seguro. Mientras tanto obito extrae al Kyubi de Kushina y lo domina con su Sharingan haciendo que ataque la aldea. Minato vuelve por Kushina y la lleva junto a Naruto, luego se pone su traje de hokage y se prepara para pelear.
Minato Luchando Contra Tobi
Minato vs "Tobi".
Minato se dirige a las estatuas de los hokages para evitar el ataque del Kyubi el cual fue invocado en medio de la aldea por Obito. Después de haber desviado la bomba bijuu con su jutsu espacio-tiempo, Obito aparece detrás de él llevándolo de nuevo al lugar del parto con una técnica similar a la del Cuarto Hokage. Entonces Minato empieza a pelear contra el enemigo dejando en las manos de Hiruzen al Kyubi, pero la pelea fue ganada por Minato ya que logro colocar un sello contrato haciendo que Obito perdiera el control sobre Kyubi, causando que se retirara. Entonces este se dirige a las afueras de Konoha donde todos los ninjas de la aldea intentaban detener al bijuu, pero la bestia es inmovilizada por la invocación del Yondaime, Gamabunta, para detener el ataque del zorro y llevarla a otro lugar. La lucha prosiguió en el lugar donde se encontraba Kushina y Naruto, en donde su esposa intentaba devolver al zorro de nuevo a su cuerpo con lo último de su chakra para poder morir con él.
Kushina y Minato protegen a Naruto
Minato y Kushina protegiendo a Naruto.
Minato al ver la decisión de su esposa, se pone en un principio triste, pero después decide utilizar el Sello Consumidor del Demonio de la Muerte para encerrar la mitad del poder del Kyubi en el cuerpo de su hijo, mientras que la otra mitad la sellaría en sí mismo a costo de su propia muerte. Entonces cuando este llama al demonio, la mano de la Parca sale de su cuerpo tomando parte del chakra del zorro encerrándolo dentro de su cuerpo causando que la bestia disminuyera de tamaño. Después de eso el invoca un trono de ceremonia donde coloco a su hijo para poder sellar la otra parte del poder de la bestia, en ese momento al ver el bijuu lo que trataba de hacer, atacó rápidamente al niño pero fue detenido por los padres cuando se dejan atravesar por sus garras, evitando de que fuera dañado. Antes de empezar el proceso de sellado el Cuarto Hokage invoca a Gamatora para poder escribir la llave del sello, y dárselo a su maestro Jiraiya. Al final el Kyubi es encerrado dentro de Naruto junto con el poco chakra de Kushina y Minato, causando la muerte de ambos.
