La primera vez que se supo de Akatsuki fue cuando un grupo de la organización formado por Itachi y Kisame intentaron capturar a Naruto, debido a esto Jiraiya en su viaje le informo a las aldeas sobre lo que sabía. A pesar de eso en la Parte II, el Shukaku de Una Cola fue atrapado por Deidara tras infiltrarse en Sunagakure, de esta misma forma los bijuus iban siendo atrapados poco a poco. Pero en sus intentos de obtener el poder de dichos animales ocasionó que varios miembros de la organización murieran hasta el punto que quedaran muy pocos. Después de la muerte de Itachi Uchiha, Sasuke y su equipo Taka se vuelven parte de Akatsuki a cambio de obtener un bijuu. Aunque la mayoría de los miembros murieron gracias a los sacrificios de sus antiguos socios, pudieron obtener a siete bijuus, faltando simplemente el Buey de Ocho Colas y el Zorro de Nueve Colas. Durante la Reunión de los Kages Tobi se autoproclamó como Madara Uchiha (siendo mentira) y la mente maestra detrás de su principal objetivo el cual es reunificar a los 9 bijuus para traer devuelta a la Bestia de Diez Colas y que así el supuesto Madara se convierta en su nuevo contenedor, siendo Jinchuriki de la bestia; el podrá lanzar su Tsukuyumi Eterno y así dominar a toda la humanidad. Pero como los Kages se rehusaron a darles los jinchurikis restantes, la organización, declara la Cuarta Guerra Mundial Shinobi. Más tarde en su guarida Kabuto forma una asociación con Tobi en donde este reviviría a los antiguos miembros fallecidos a cambio de Sasuke Uchiha.
Más tarde Tobi logró apoderarse del cadáver de Nagato para conseguir el Rinengan después de haber matado a la ex-Akatsuki Konan. En la guarida del líder, Akatsuki tiene actualmente un cuarto lleno de un ejército de cien mil zetsu que planea utilizar como fuerza militar para la próxima guerra, los cuales fueron creados con el chakra de las Bestias con Cola, pero debido a esto le retrasara su plan de revivir al Diez Colas. Después de que Kabuto no logró capturar a los jinchurikis restantes, atrapó a Yamato y lo utilizó para hacer que el ejército de Zetsu se volviera más fuerte. Gracias a Kabuto, Akatsuki llega a tener una mejor fuerza militar ya que revivió a los antiguos miembros de Akatsuki, los jinchurikis y Kages anteriores, además de los ninjas más famosos y reconocidos en sus aldeas.
